Il Bovaro dell'Appenzell è un cane di taglia media, di struttura compatta e muscolosa: i maschi raggiungono 52-56 cm al garrese e 27-33 kg; le femmine sono leggermente più piccole. La testa è di media larghezza con stop netto e muso di media lunghezza; le orecchie sono triangolari, di media grandezza, adagiate sulle guance. Gli occhi sono piccoli, scuri e di espressione vivace e intensa.
Il mantello è corto o di media lunghezza, liscio e lucido, con una sottoveste densa. Il pattern cromatico è sempre tricolore: fondo nero o Havana (marrone cioccolato) con marcature fulve e bianche nelle posizioni tipiche dei bovari svizzeri — il bianco alla fronte, al muso, alla gola, al petto e all'apice della coda; il fulvo sopra gli occhi, sulle guance e sulle zampe. La coda, portata arrotolata sul dorso tipicamente spitz-like, è una delle caratteristiche più riconoscibili della razza.